ارزیابی بیوانفورماتیکی پلی مورفیسم های تک نوکلئوتیدی غیر مترادف (nssnps) بیماری زا در ناحیه کد کننده ژن پروتئین پریون انسانی (prnp)
نویسندگان
چکیده
زمینه و هدف: پلیمورفیسم های تک نوکلئوتیدی عامل ایجاد تنوع ژنتیکی در جانداران میباشند و در این میان، پلیمورفیسم های تک نوکلئوتیدی غیر مترادف (nssnps) باعث تغییر در باقیمانده های اسیدآمینه میشوند. تحقیق اخیر با هدف بررسی احتمال ارتباط بین تمامی چندشکلی های گزارش شده از ژن پریون انسانی و بروز بیماری انجام شده است. مواد و روش ها: در این مطالعه توالی اسیدآمینه ایزوفرم اصلی ژن پروتئین پریون انسانی از پایگاه داده uniprot استخراج و توسط سرورهای foldamyloid و amylpred موردبررسی قرار گرفت. همچنین تمامی پلیمورفیسم های تک نوکلئوتیدی غیر مترادف این پروتئین از پایگاه داده dbsnp استخراج و توسط سرورهای بیوانفورماتیکی sift،polyphen-2، i-mutant-3.0،panther،snps&go; ،phd-snp،meta-snp و mutpred برای تعیین زیان بارترین snp مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج: بررسی توالی پروتئین توسط سرورهای foldamyloid و amylperd، نواحی 15-5، 178-174، 184-180، 217-211 و 252-240 را به عنوان حساس ترین بخش های پروتئین در روند آمیلوئیدی شدن معرفی کردند. همچنین از غربالگری تمام nssnpهای ایزوفرم اصلی پروتئین توسط سرورهای استفاده شده، 105 مورد جایگزینی والین به جای آسپارتیک اسید در جایگاه 178 با شناسه ی rs11538766 را به عنوان زیان بارترین nssnp در ساختار پروتئین پیشبینی کردند. نتیجه گیری: بر اساس نتایج، جایگزینی والین به جای آسپارتیکاسید در موقعیت 178 (d178v) به عنوان زیان بارترین جهش در ساختمان پروتئین پریون انسانی پیش بینی شد. همچنین مکانیسم مولکولی ارائه شده توسط سرور mutpred نیز دلالت بر افزایش ساختار بتا (gain of sheet) در فرم فضایی پروتئین دارد که مسبب افزایش احتمال تولید و تجمع تشکیلات فیبریلی خواهد بود.
منابع مشابه
ارزیابی بیوانفورماتیکی پلیمورفیسمهای تک نوکلئوتیدی غیر مترادف (nsSNPs) بیماری‌زا در ناحیه کد‌کننده ژن پروتئین پریون انسانی (PRNP)
زمینه و هدف: پلیمورفیسمهای تک نوکلئوتیدی عامل ایجاد تنوع ژنتیکی در جانداران میباشند و در این میان، پلیمورفیسمهای تک نوکلئوتیدی غیر مترادف (nsSNPs) باعث تغییر در باقیمانده‌های اسیدآمینه میشوند. تحقیق اخیر با هدف بررسی احتمال ارتباط بین تمامی چندشکلی‌های گزارش‌شده از ژن پریون انسانی و بروز بیماری انجام‌شده است. مواد و روش‌ها: در این مطالعه توالی اسیدآمینه ایزوفرم اصلی ژن پروتئین پریون انسان...
متن کاملتأثیر پلی مورفیسم ناحیه غیر کد کننده ژن زیر واحد P40 پروتئین اینترلوکین 12 در عفونت مزمن هپاتیت C
چکیده زمینه و هدف: اینگونه به نظر می‌رسد که تولید مقادیر غیر معمول انواع سایتوکاین طی عفونت هپاتیت C با پیشرفت بیماری، حضور ویروس در بدن میزبان و ایجاد بیماری مزمن همبستگی دارد. اینترلوکین 12 بعنوان یک هترودایمر که نقش تنظیم پاسخ سیستم ایمنی را دارد، در پیشرفت پاسخ ایمنی به سوی T یاور 1 از اهمیت ویژه برخوردار است. در این مطالعه، به بررسی نقش پلی مورفیسم جایگاه غیر ترجمه‌ای ′3 ژن زیرواحد p40 ا...
متن کاملتأثیر پلی مورفیسم ناحیه غیر کد کننده ژن زیر واحد p۴۰ پروتئین اینترلوکین ۱۲ در عفونت مزمن هپاتیت c
چکیده زمینه و هدف: اینگونه به نظر می رسد که تولید مقادیر غیر معمول انواع سایتوکاین طی عفونت هپاتیت c با پیشرفت بیماری، حضور ویروس در بدن میزبان و ایجاد بیماری مزمن همبستگی دارد. اینترلوکین 12 بعنوان یک هترودایمر که نقش تنظیم پاسخ سیستم ایمنی را دارد، در پیشرفت پاسخ ایمنی به سوی t یاور 1 از اهمیت ویژه برخوردار است. در این مطالعه، به بررسی نقش پلی مورفیسم جایگاه غیر ترجمه ای ′3 ژن زیرواحد p40 این...
متن کاملمقایسه میزان شیوع پلی مورفیسم تک نوکلئوتیدی ژن گیرنده مو(mu) در افراد معتاد و غیر معتاد
Introduction: The importance of scientific research in prevention of drug addiction is obvious. The main site of drug action is the brain. Mu receptor is the first place of drug action. In this study, the rate of mu receptor gene single nucleotide polymorphism (SNP) was compared in addicts and non-addicts. Methods: In this study AA, AG and AA polymorphism of mu receptor gene was investigated i...
متن کاملارتباط پلی مورفیسم تک نوکلئوتیدی پروموتور ژن MMP-2 بر ابتلا و متاستاز سرطان ریه
چکیده زمینه و هدف: بالا بودن میزان بروز سرطان ریه و پیش آگهی ضعیف آن ســبب شده است که این سرطان به عنوان یک معضل مهم بهداشتی در چند دهه اخیر مطرح باشد. پیشرفت تومور نیازمند تجزیه ترکیب‌های ماتریکس خارج سلولی است و افزایش بیان ماتریکس متالوپروتئازها با حملهی تومور و متاستاز آن در تومورهای بدخیم بافت های مختلف، ارتباط دارد. ماتریکس متالو پروتئازها قادر به تجزیه تمام ترکیب‌های ماتریکس خارج سلولی ...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
عنوان ژورنال:
مجله دانشگاه علوم پزشکی فساجلد ۶، شماره ۳، صفحات ۳۸۰-۳۸۸
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023